Article 2 alinéa 1er - La commission est un organe de consultation et de collaboration afin de favoriser la coopération entre les différents départements ministériels et les différents intervenants dans le domaine d'Aires protégées et d'assurer leur participation à la politique de développement autour et à l'intérieur des Aires Protégées du Système des Aires Protégées de Madagascar.

Article 3 - La "Commission SAPM" est présidée par le Ministère chargé de l'Environnement et des Forêts représenté par la Direction chargée des aires protégées qui siège d'office dans la commission.
Elle est composée des représentants désignés par les ministères concernés dont les ministères chargés des Domaines, de la Pêche et des Ressources Halieutiques, de l'Agriculture, de l'Elevage, des Mines et des Hydrocarbures, de l'Energie, du Tourisme et de l'artisant, des Transports, les organismes rattachés ainsi que les partenaires techniques et financiers oeuvrant dans le domaine du Système des Aires protégées.

Article 20 - Des comités à différents niveaux pour le développement du tourisme et dont la mission, la composition et le fonctionnement sont fixés par voie réglementaire peuvent être créés. Notamment une structure de concertation avec l'ensemble des Ministères concernés sera dotée d'un pouvoir de proposition et d'harmonisation des différentes actions.

Article 19 - Un organe consultatif est une structure de dialogue, de concertation et de collaboration entre l’Administration en charge des Aires Protégées, les gestionnaires opérationnels des Aires Protégées et les autres acteurs notamment les départements ministériels, les Collectivités Territoriales Décentralisées, les représentants des communautés locales, la société civile, le secteur privé et les Partenaires Techniques et Financiers liés à la création et la gestion durable des Aires Protégées ainsi qu’à la pérennisation du Système des Aires Protégées de Madagascar.
La mise en œuvre des dispositions du COAP et de ses différents textes d’application nécessitent l’établissement ou la mise en œuvre des organismes consultatifs dont :
- la Commission du Système des Aires Protégées de Madagascar ou Commission SAPM
- le Comité d’Orientation et d’Evaluation ou COE
- le Comité d’Orientation et de Suivi ou COS

Article 21 alinéas 1er et 2 - La Commission SAPM est placée sous tutelle du Ministère en charge des Aires Protégées. Elle est présidée par le Directeur en charge du Système des Aires Protégées. Elle est composée par des représentants désignés issus notamment :
- du Ministère en charge des Aires Protégées,
- des Ministères sectoriels, - des organismes rattachés,
- des promoteurs et gestionnaires opérationnels des sites, réseaux ou regroupements d’Aires Protégées,
- des Partenaires Techniques et Financiers œuvrant dans le Système des Aires Protégées.
La Commission SAPM peut faire appel à la collaboration de toute structure, personne physique ou morale pour ses compétences dont le Comité Interministériel Mines – Forêts, la Commission Environnement-Pêche, la Commission Pétrole – Environnement, le Comité Interministériel Foncier Forêts, la Commission forestière, les cellules environnementales des Ministères sectoriels. Selon le cas, elle peut aussi faire appel aux représentants du secteur privé dont les projets de développement sont en cohabitation avec les Aires Protégées ou la zone périphérique.

Article 22 alinéas 1er et 2 (extrait) - L’arrêté de mise en protection temporaire d’une Aire Protégée institue un Comité d’Orientation et d’Evaluation (COE), une structure régionale ou interrégionale chargée de l’orientation générale en vue de l’obtention du statut définitif de l’Aire Protégée en création.
Le COE est une structure de concertation et de réflexion [...]:

Article 23 alinéas 1er et 2 - Le COE est coprésidé par le Directeur en charge des Aires Protégées de la Région concernée et par le Préfet territorialement compétent. Les membres sont nommés suivant une décision du Ministre en charge des Aires Protégées. Dans le cas où l’Aire Protégée en création touche une ou plusieurs régions, il est coprésidé par le Représentant des Directeurs en charge des Aires Protégées des régions concernés et par l’un des Préfets territorialement compétents choisi par les membres du Comité. Les membres sont nommés suivant une décision du Ministre en charge des Aires Protégées.
Sur proposition de chaque département d’appartenance respectif, les membres sont constitués, selon le cas par:
- les représentants des collectivités Territoriales Décentralisées (Province, Région, Commune) ;
- le gestionnaire ou le gestionnaire délégué de l’Aire Protégée;
- les représentants des services techniques déconcentrés des Ministères et des secteurs concernés par l’Arrêté de mise en protection temporaire ainsi que les organismes rattachés ;
- les représentants des Communautés locales et/ou des communautés de base ;
- les représentants du secteur privé (extractif, pêche, agriculture) dont les activités sont en cohabitation avec l’Aire Protégée en création ;
- toute personne physique ou morale ou organisme choisi pour ses compétences particulières.

Article 24 alinéas 1er, 2 et 3 - Le décret de création définitive de l’Aire Protégée institue le Comité d’Orientation et de Suivi (COS) qui assure le suivi de l’exécution des actions découlant de la création de toutes les Aires Protégées au niveau d’une Région.
Ce comité est coprésidé par le Directeur en charge des Aires Protégées de la Région concernée et par le Préfet territorialement compétent. Les membres sont nommés suivant une décision du Ministre en charge des Aires Protégées. Dans le cas où l’Aire Protégée en création touche une ou plusieurs régions, il est coprésidé par le Représentant des Directeurs chargés des Aires Protégées des régions concernés et par l’un des Préfets territorialement compétents choisi par les membres du Comité. Les membres sont nommés suivant une décision du Ministre en charge des Aires Protégées.
Sur proposition de chaque département d’appartenance respectif, les membres sont constitués, selon le cas par:
- les représentants des Collectivités Territoriales Décentralisées (Province, Région, Communes) ;
- les représentants du gestionnaire délégué de l’Aire Protégée ; - les représentants des Services techniques déconcentrés des ministères concernés ; - les représentants des organismes rattachés ;
- les représentants des Communautés locales et/ou des communautés de base touchées par l’Aire Protégée ;
- les représentants de la société civile ;
- les représentants du secteur privé exerçant dans les secteurs de développement prévus dans les Aires Protégées de catégorie V ou VI de la région (activités extractives, activité de production électrique, pêche, forêt, agriculture) ;
- un représentant de la Commission SAPM, le cas échéant ;
- ainsi que toute personne ou organisme choisi pour ses compétences particulières sur proposition du Directeur Régional en charge des Aires Protégées et/ou du gestionnaire.

Article 27 - Conformément à l’énoncé des politiques de gestion des Aires Protégées du Code de Gestion des Aires Protégées et la législation en vigueur, les Collectivités Territoriales Décentralisées (Province, Région ou Commune), conjointement avec l’Etat assurent la protection, la conservation et la valorisation de l’environnement par desmesures appropriées. Des parties du territoire terrestre ou marin, relevant du domaine public ou privé des collectivités décentralisées peuvent être classées en Aire Protégée.
Les Collectivités Territoriales Décentralisées peuvent être :
- l’initiateur et/ou le promoteur de la création d’une Aire Protégée ;
- le gestionnaire ou faire partie de la structure de gestion de l’Aire Protégée ;
- représentés dans les différents comités mis en place dans le cadre de la création ou la gestion des Aires Protégées.

Article 38 - Les orientations principales de gestion et la coordination générale du Système des Aires Protégées de Madagascar relèvent du Ministère chargé des Aires Protégées assisté par un organe consultatif dont la composition et les attributions sont déterminées par voie réglementaire.
La coordination générale porte notamment sur les questions suivantes :
- la procédure de création et de gestion d’une Aire Protégée;
- la revue des Plans d’Aménagement et de Gestion;
- l’octroi et le retrait d’agrément des Aires Protégées privées;
- la coordination et facilitation de toutes les activités ou opérations relatives aux Aires Protégées;
- le contrôle et l’appui technique à la gestion.